RA I Genetische und phänotypische Architektur von inflammatorischen Barriereerkrankungen

Zusammenfassung

Der Forschungsbereich RA I (Nachfolger des früheren RA A) wird weiterhin an der Identifizierung der genetischen und phänotypischen Architektur von komplexen inflammatorischen Barriereerkrankungen arbeiten. Weitere Entzündungskrankheiten (CHD, Adipositas, Apoplexie, SLE), für die eine klinische Expertise und Patientenproben bereits existieren, wurden neu mit aufgenommen. Die zweite FP verlagert den Fokus von genomweiten Assoziationsstudien (GWAS) hin zu hochmodernen Sequenziertechnologien, die die gesamte DNA-Variation einer Probe erfassen. Durch die Anwendung der neuen Technologie zunächst auf Proben genau charakterisierter, extremer Phänotypen und dann auf potentiell repräsentative Kohorten wird das phänotypisch/ genetische Verhältnis noch deutlicher aufgelöst. Die Übertragung in systematische, pharmakogenomische Studien wird dabei zunehmend an Bedeutung gewinnen.

Beitrag zur wissenschaftlichen Agenda

Der Forschungsbereich betreibt umfassende Forschungen zur genetischen Architektur chronischer inflammatorischer Barriereerkrankungen und fördert die Entdeckung und Annotation von genetischen Kausalzusammenhängen mit übergreifender Bedeutung für chronische Entzündungen. Kollaborationen mit anderen Forschungsbereichen und CL umfassen: (1) Extraktion von genetischen Varianzspektren aus bekannten Risikostellen für inflammatorische Barriereerkrankungen durch Genotypisierung und gezielte Resequenzierung, (2) Entwicklung neuer Analysealgorithmen, z.B. für geschlechtsspezifische und Gen-Umwelt-Interaktionen, (3) Integration genetischer Daten und anderer “Omics”-Daten als erweiterte molekulare Phänotypen, (4) Erforschung der Sequenzdaten ganzer Genome/Exome zur Bewertung von vollständigen genetischen Risikoprofilen und (5) Bereitstellung der genetischen Grundlage zur Neubestimmung von Krankheitsphänotypen in RA VI.

Figure: Important existing and planned infrastructures of RA I in the 2nd FP: existing infrastructure (grey shading), planned infrastructure (turquoise), positions that need to be established in the 2nd FP (green hexagons), and new re-search foci (yellow boxes). CD/Crohn‘s disease, UC/ulcerative colitis, PSOR/psoriasis, AD/atopic dermatitis, PER/periodontitis, SARC/sarcoidosis,RA/ SLE/rheumatoid arthritis/systemic lupus erythematosus, CHD/ coronary artery disease. In addition to the adult cohorts, pediatric cases (early onset) of different inflammatory diseases are collected for all disease entities via the children’s hospitals. The phar-macogenomic cohorts are a bridge to the translational RA establishing whole-genome/-exome sequencing as a routine method that can be applied to thousands of samples; data will be prepared in an intuitive webinterface and large German control reference exome/genome data sets need to be created.

 

Artikelaktionen