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Steckbrief Cluster-Labor VIII

Nucleotide Laboratory -
Nukleotidlabor

SPRECHER: John Baines, Philip Rosenstiel

INNOVATION/ BESONDERHEIT:

Funktionelle Sequenzräume können mittels neuer hochparalleler Sequenziertechnologien in einer Tiefe analysiert werden, die noch vor einigen Jahren undenkbar war. Hierbei handelt es sich nicht nur um rein genomische Information, sondern es können durch geeignete Methoden auch funktionelle Zustände (z.B. alle Sequenzen an die ein bestimmter Transkriptionsfaktor bei einer bestimmten Entzündungsbedingung gebunden hat) dargestellt werden. Eine Besonderheit des Cluster-Labors ist, dass ein Schwerpunkt auf der simultanen Analyse von krankheitsassoziierten Mustern in Wirt und den besiedelnden Bakterien und Viren liegt.

AUFGABE/ ZIEL:

Umfassende DNA/RNA-Analysen vor allem in Richtung sequenz-basierter Ansätze, welche durch die Entwicklung leistungsfähiger paralleler Sequenzier- Technolgien möglich geworden sind.
Die Infrastruktur wird als Think Tank für eine innovative Protokollentwicklung aufgebaut, garantiert darüber hinaus aber auch ein hohes Maß an Prozessoptimierung und -standardisierung, einschließlich einer engen Verknüpfung mit den Datenmanagement-verfahren. Instrumente des Projektmanagements werden dabei ebenfalls integriert, um das Labor zu einer bereichsübergreifenden Einrichtung zu machen.

BEITRAG FÜR DEN CLUSTER:

Schnellen Zugriff auf umfassende Sequenzinformationen aus den Genomen von Patienten oder relevanten Modellorganismen und andere komplexe Sequenzräume (z.B. Transkriptome, Methylome, miRNome).

FORSCHUNGSFRAGEN:

Viele der Fragestellungen sind derzeit dadurch beschränkt, dass in Geweben unterschiedliche Zelltypen unterschiedliche Funktionen bei Krankheitsprozessen innehaben können. Schlüsselt man diese Zellverbände durch geeignete Methoden auf (in idealer Weise bis auf die Einzelzellebene herab), sind die Materialmengen, die für Analysen zur Verfügung stehen, verschwindend gering. Das CL VIII arbeitet daher an Methoden, die auch solche Fragen in verlässlicher Weise beantworten können.

MASSNAHMEN FÜR NACHWUCHSFÖRDERUNG:

Laufende: Hospitation, Indian Summer School, regelmäßige Informationsveranstaltungen

Geplante:
Lecture Series/Journal Club

BETEILIGTE ARBEITSGRUPPEN/ INSTITUTE:
  • Forschungszentrum Borstel, FB Medizinische Infrastrukturen
  • Forschungszentrum Borstel, BF Molekulare Mykobakteriologie
  • Institut für Experimentelle Medizin
  • Institut für Informatik, Kiel
  • Institut für Integrative und Experimentelle Genomik, Lübeck
  • Institut für Humangenetik, Kiel
  • Institut für Medizinische Mikrobiologie und Hygiene, Lübeck
  • Klinik für Gynäkologie und Geburtshilfe, Kiel
  • Klinik für Neurologie, Kiel
  • Klinik für Rheumatologie und Immunologie, Bad Bramstedt
  • Max-Planck-Institut für Evolutionsbiologie, Plön, FB Evolutionsgenetik
  • Zoologisches Institut, Kiel
  • II. Medizinische Klinik und Poliklinik, Kiel
AUSSTATTUNGEN/ LEISTUNGEN:
  • gemeinsamen Zugriff auf umfangreiche Genotyp- und Sequenzinformationen
  • transparente Verfahren zur Probenbearbeitung und -aufbereitung nach Standardvorgehensweisen (SOP) und Qualitätsmanagement- Standards
  • neue Anwendungen und Protokolle (z.B. aktuelle interne Protokolle für RNA Seq, run-on Seq, riboIP-Seq)
  • Einführung von Einzelmolekül-Sequenzierung.

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